Parafia garnkowska została wyodrębniona z parafii św. Marcina w Kłomnicach i ustanowiona w 1903 r. przez biskupa włocławskiego Kazimierza Zdzitowieckiego.Równocześnie powstał cmentarz grzebalny poza wsią przy drdze w kierunku Św. Anny i Przyrowa. Proboszczem parafi był między innym ks Bonawentura Metler, znany amator astronomi, zamordowany póxniej przez hitlerowców w Parzymiechach. Lata wojny obeszły się z parafią i świątynią szczególnie okrutnie. Najpierw został aresztowany ks. K. Znamirowski i wywieziony przez Niemców do obozu w Norghausem i tam został zamordowany. Później Niemcy spalili XVIII-wieczny kościół, a w jego płomieniach zginął następny proboszcz ks. Józef Bartecki. Nowy murowany kościół powstał dopiero po wojnie za czasów proboszcza ks Fabiana Zbieszczyka na początku lat 60-tych XX wieku.