Na okupacyjnych dziejach Kłomnic, Garnka i pobliskiej Kruszyny ogromny wpływ miały tragiczne wydarzenia z początku wojny. Lotnictwo niemieckie 2 września zbombardowało zatłoczone uciekinierami Kłomnice. Kilka dni później hitlerowcy rozstrzelali kilkunastu mieszkańców Kruszyny. Najtragiczniejsze było jednak wymordowanie 68 mieszkańców Kajetanowic niedaleko Garnka.

Na terenie obecnej Gminy Kłomnice, jak i w najbliższej okolicy główną organizacją wojskową była Armia Krajowa (lub jej wcześniejsze poprzedniczki).  Związane z nią były Szare szeregi – wojenna wersja Związku Harcerstwa Polskiego, które uzgadniały  swoje działania operacyjne. Pojawiła się też patriotyczna organizacja podziemna związana z PPS WRN, a także nieliczne grupy należące do komunistycznej Armii Ludowej.